Neuroimageのvisualization
ここを参考にNeuroimageの視覚化をやってたんだけど、どうにもうまくいかない。
というか視覚化までは普通に行くんだけど、その先に頭蓋骨を除去して脳部分だけを抽出するコードがあるのにそれがうまくいかない。
fslrとかいうRのパッケージはR上ですぐに入れられるとして、fslというソフトをインストールしなきゃいけない。これをUbuntu上でゴリゴリやってたんだけど、どうしてもエラーが出ちゃって進まない・・・なぜだ。
なんかダウンロードサイト見ててもUbuntuのインストールはAdvancedのインストールカテゴリに入れられてるし、Ubuntuが悪いのかなー
と思って今度はWindowsでやってみたんだけど、Windowsでも上手くいかない。Windowsならインストーラーがあるわけだしスススと行くかなと思ったのに、何かダウンロードしたファイルの解凍すらうまくいかねえ、何でだ
ダウンロード失敗してるのか？それともWindowsOSの方のPCがポンコツなせいなのか？
わからん・・・
あと3DCNNのサンプルコードいくつか見つけたんだけど、全部Torchっていうね・・・Torchわからんよえーん
でもCNNのコードってTorchのものかなり多いし、この機会に覚えようかなぁ でも時間かかるだろうなぁlua覚えるの・・・。あ、Torchはluaって言語のDeeplearningパッケージです。
つーか教授が三日置きに進捗聞いて来て全く自分のペースで進められねえ、僕の中で教授とメールのやりとりしたらそれだけで一仕事したなーって感じになってその日が終わるわけよ。もうちょっとスパン開けてくれ頼むから
ぐぬぬ・・思い通りにいかんぜ・・・
２月１３日の日記。進捗メモ
今日はMRI画像を読み込むのに必死だった。ここ最近はいつもそう。
pythonで読み込んでいるんだけども、nibabelで読み込んだ3D画像をnumpy配列に変えて結合するというだけの作業で１日が終わった。自分の能力に呆れる。
ちなみにそれをやってもやはり94GBのデータをまとめてやろうとするとメモリが死んだ。小分けにする必要は確実にあるようだ。
また、MRI画像の撮影元（病院）によって画像の大きさが違う。全て同じ大きさに直さなければCNNにかけることはできないし、ついでに画像縮小してちょっと軽くしたい気持ちもある。でも3D画像の縮小ってどうやるの？パッケージあるの？
普通の2D画像だったらPILでもopenCVでもいいからすぐできるけど、3D画像をどう縮小すればいいのか分からない。最悪の場合自分で配列計算することになるのかなあ。でも計算式が分からない。周りのピクセルの値の平均でも取るのかな・・それじゃぼかしか。うーむまぁ調べれば出ると思うけど
もしくは3D画像とはいえ１層１層は2D画像なわけだから１層ごとに縮小して合体・・できないかなぁ・・うーんちょっと頭こんがらがってきた
あと自分の研究の構想上3D畳み込みニューラルネットも実装しないといけない。サンプルコード落ちてないかなあ・・うーん
あと可視化？見える化？Visualizationも考えなきゃいけないし・・でもまぁ後の方でいいよねとにかく今はCNNにかけないと。
つーか教授がtensorflowしか認めないんだよなぁ。別に他のでもCNNとしての性能は変わらないだろうにさぁ。何か目的のコードがあったとしてもtensorflowじゃなかったりするのよ。それをtensorflowに直すのめんどいじゃん？まぁ構造がすぐ掴める人は関係ないのかもだけどさあ
つかtensorboardがバグるんだよなぁ。なんでだろう変なgpuの実装の仕方したせい・・なのかなtensorboard使えなきゃtensorflowの利点皆無な気もする
