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Neuroimageのvisualization

www.r-bloggers.com

ここを参考にNeuroimageの視覚化をやってたんだけど、どうにもうまくいかない。

というか視覚化までは普通に行くんだけど、その先に頭蓋骨を除去して脳部分だけを抽出するコードがあるのにそれがうまくいかない。

 

fslrとかいうRのパッケージはR上ですぐに入れられるとして、fslというソフトをインストールしなきゃいけない。これをUbuntu上でゴリゴリやってたんだけど、どうしてもエラーが出ちゃって進まない・・・なぜだ。

なんかダウンロードサイト見ててもUbuntuのインストールはAdvancedのインストールカテゴリに入れられてるし、Ubuntuが悪いのかなー

と思って今度はWindowsでやってみたんだけど、Windowsでも上手くいかない。Windowsならインストーラーがあるわけだしスススと行くかなと思ったのに、何かダウンロードしたファイルの解凍すらうまくいかねえ、何でだ

ダウンロード失敗してるのか?それともWindowsOSの方のPCがポンコツなせいなのか?

わからん・・・

 

あと3DCNNのサンプルコードいくつか見つけたんだけど、全部Torchっていうね・・・Torchわからんよえーん

でもCNNのコードってTorchのものかなり多いし、この機会に覚えようかなぁ でも時間かかるだろうなぁlua覚えるの・・・。あ、Torchはluaって言語のDeeplearningパッケージです。

つーか教授が三日置きに進捗聞いて来て全く自分のペースで進められねえ、僕の中で教授とメールのやりとりしたらそれだけで一仕事したなーって感じになってその日が終わるわけよ。もうちょっとスパン開けてくれ頼むから

 

ぐぬぬ・・思い通りにいかんぜ・・・

2月13日の日記。進捗メモ

今日はMRI画像を読み込むのに必死だった。ここ最近はいつもそう。

pythonで読み込んでいるんだけども、nibabelで読み込んだ3D画像をnumpy配列に変えて結合するというだけの作業で1日が終わった。自分の能力に呆れる。

 

ちなみにそれをやってもやはり94GBのデータをまとめてやろうとするとメモリが死んだ。小分けにする必要は確実にあるようだ。

 

また、MRI画像の撮影元(病院)によって画像の大きさが違う。全て同じ大きさに直さなければCNNにかけることはできないし、ついでに画像縮小してちょっと軽くしたい気持ちもある。でも3D画像の縮小ってどうやるの?パッケージあるの?

 

普通の2D画像だったらPILでもopenCVでもいいからすぐできるけど、3D画像をどう縮小すればいいのか分からない。最悪の場合自分で配列計算することになるのかなあ。でも計算式が分からない。周りのピクセルの値の平均でも取るのかな・・それじゃぼかしか。うーむまぁ調べれば出ると思うけど

 

もしくは3D画像とはいえ1層1層は2D画像なわけだから1層ごとに縮小して合体・・できないかなぁ・・うーんちょっと頭こんがらがってきた

 

あと自分の研究の構想上3D畳み込みニューラルネットも実装しないといけない。サンプルコード落ちてないかなあ・・うーん

 

あと可視化?見える化?Visualizationも考えなきゃいけないし・・でもまぁ後の方でいいよねとにかく今はCNNにかけないと。

 

つーか教授がtensorflowしか認めないんだよなぁ。別に他のでもCNNとしての性能は変わらないだろうにさぁ。何か目的のコードがあったとしてもtensorflowじゃなかったりするのよ。それをtensorflowに直すのめんどいじゃん?まぁ構造がすぐ掴める人は関係ないのかもだけどさあ

つかtensorboardがバグるんだよなぁ。なんでだろう変なgpuの実装の仕方したせい・・なのかなtensorboard使えなきゃtensorflowの利点皆無な気もする